Докторантурата е третата, най-висока степен на висшето образование, чрез която се придобива образователна и научна степен "доктор". Обучението по докторски програми в ИУ-Варна се осъществява в модерна среда от утвърдени висококвалифицирани преподаватели. Университетът осигурява възможност за обучение в пет професионални направления, в следните акредитирани докторски програми:

Професионално направление Докторска програма
3.7. Администрация и управление Социално управление
3.8. Икономика Политическа икономия (обща икономическа теория)
3.8. Икономика Финанси
3.8. Икономика Счетоводна отчетност, контрол и анализ на стопанската дейност
3.8. Икономика Икономика и управление (строителство и недвижима собственост)
3.8. Икономика Икономика и управление (търговия)
3.8. Икономика Икономика и управление (търговия)
3.8. Икономика Икономика и управление (търговия)
3.8. Икономика Стокознание
3.8. Икономика Маркетинг
3.8. Икономика Статистика и демография
3.8. Икономика Приложение на изчислителната техника в икономиката
3.8. Икономика Световно стопанство и международни икономически отношения
3.8. Икономика Оптимално управление на икономически системи
3.9. Туризъм Икономика и управление (туризъм)
4.6. Информатика и компютърни науки Информатика
3.6. Право Търговско право